U svom dugogodišnjem radu, Institut je više puta nagrađivan za doprinos naučnoistraživačkom radu i promoviranju najboljih praksi u oblastima u kojima djeluje. Posljednje tri nagrade koje su od posebnog značaja za Institut su:
Nagrada Salona urbanizma u 2017. godini
Na 26. Salonu urbanizma održanom 8.11.2017. godine u Nišu, u kategoriji „Zaštita prirode i životne sredine kroz studije, istraživanja i projekte“, tim Instituta za hidrotehniku u saradnji sa URBIS centrom iz Banja Luke osvojio je prvo mjesto za rad „Studija izvodljivosti i ekonomske opravdanosti izgradnje sistema za navodnjavanje hidrotehničkih melioracija na području Brčko Distrikta“.
Šestoaprilska nagrada grada Sarajevo u 2006. godini
Na skupštini Gradskog vijeća grada Sarajeva 17.03.2006. godine Institut za hidrotehniku je nagrađen najprestižnijom nagradom koju dodjeljuje grad Sarajevo za doprinos u oblasti istraživanja, razvoja nauke i primjeni najnovijih dostignuća u konkretnim projektima u oblasti okoliša. Direktoru Instituta prof. dr. Tariku Kupusoviću nagradu je uručila gradonačelnica grada Sarajeva Semiha Borovac.
Nagrada USAID-a za izvrsnost u 2004. godini
Na konferenciji “Razvoj ljudskih i institucionalnih kapaciteta” Institutu je dodijeljena USAID-ova nagrada za izuzetan doprinos u procesu institucionalnog jačanja i uvođenja suvremenih trendova i tehnika obučavanja osoblja vodovodnih preduzeća. Nagradu je uručio predstavnik USAID biroa za Evropu i Euroaziju. Institut za hidrotehniku, kao izvođač treninga, u suradnji sa USAID misijom u BiH i World Learning Inc. pomaže vodovodima u BiH da poboljšaju svoje menadžerske prakse. Izazov je jasan; u prosjeku vodovodi u BiH imaju oko 65% gubitaka u vodovodnoj mreži, dok je u zemljama evropske unije taj prosjek oko 10%.
Institut za hidrotehniku je prva kompanija u jugo-istočnoj Evropi koja je dobila ovo prestižno priznanje.
Nagrada USAID-a za Najbolji praktični projekat u 2001. godini
Projekat “Smanjenja gubitaka u vodovodnom sistemu Konjic” je zbog svojih rezultata i smanjenja gubitaka vode sa 74,32% na 19,78% je u okviru USAID-ovog programa ECOLINKS proglašen najboljom praksom u 2001. godini.